弗兰克（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 饰）是一名急救医生，这个争分夺秒的工作让他在日积月累间承担了许多无形的压力。弗兰克救过很多人的性命，但也眼睁睁的看着很多人无奈的死去。这一次，他的急救对象是一个名叫罗斯（Cynthia Roman 饰）的女孩，不幸的是，罗斯最终死去。罗斯的死给弗兰克带来的前所未有的巨大打击，他甚至出现了幻觉，精神濒临崩溃。 在另一次抢救任务中，弗兰克遇见了老人波克（Cullen O. Johnson 饰）和他的孙女玛丽（帕特丽夏·阿奎特 Patricia Arquette 饰），波克的重病让他生不如死，在玛丽和波克的默许下，弗兰克主动结束了老人的生命。而对于弗兰克来说，波克的死带来的是解脱和救赎。
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
