1988年，还是孩童的凯蒂（Chloe Csengery 饰）和克莉丝蒂（Jessica Tyler Brown 饰）随着妈妈朱莉（劳伦·彼特纳 饰）以及继父丹尼尔（Christopher Nicholas Smith 饰）搬入一幢全新的大房子居住。丹尼尔是摄影工作者，平时经常拿着摄像机拍来拍去。某晚他拍摄和朱莉的私生活，却在画面中看到奇怪的影像。他感到房子内似乎藏着不为人知的秘密，于是在房间的各个角落架设摄像机日夜拍摄。 镜头前，先是看到克莉丝蒂与看不见的“朋友”托比聊天，随后的日子里，各种恐怖离奇的事件相继发生。困扰克莉丝蒂与凯蒂多年的噩梦由此展开……
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
